Ingurua aurri egoeran egoanez, Bizkaiko Foru Aldundiak 1901.ean erabagi eban bereoneratze-lanak egitea Batzarretxean, kartzelan eta Korrejidorearen etxean. Antonio Carlevaris probintziako arkitektoari horretarako agindu jakon proiektuan eraikinaren kanpoaldearen itxura gorde egiten zan eta barrualdea aldatu. Urte batzuk beranduago, 1931. urtean, beste proiektu bat egitea agindu jakon Diego de Basterra arkitektoari. Proiektu horretakoa zati baten bete zan: barrualdea guztiz aldatu eta museotxo apal bat atondu zan bertan.

1942 eta 1957. urteen artean, Eugenio de Aginaga arkitektoaren eskutik, guztiz eraldatu zan eraikina eta gaur egun dauan itxuraren antzekoa hartu eban. Beste solairu bat gehitu eta almenak jarri jakozan Batzarretxeari, gaur egun dauan torretxe itxura emonez; eredu erromaniko eta errenazentistako leiho asko jarri ebezan eta pasabide batez lotu ziran Batzar etxea eta Korrejidorearena; barrualdean eskilara biribildua eregi zan, etab.

Azkenik, 1989. urtean, Javier Muñoz eta Josu Urriolabeitia arkitektoen eskutik gauzatu zan eraikinaren azken eraldaketea, gaur egun ikusi geinkena. Torrearen aurrean beste eraikin moderno bat egin zan; Batzarretxearen eta Korrejidorearen etxearen barrualdeak guztiz eraldatu eta museoko areto eta bulegotarako egokitu ziran.