Gernika ha sido durante siglos el lugar de reunión de los pueblos de Bizkaia. Antiguamente, cada anteiglesia enviaba a su representante a debatir los problemas comunes del Señorío. Estas asambleas se celebraban junto al Árbol de Gernika y se llamaban Juntas Generales de Bizkaia. Perduraron hasta 1876, momento en que son abolidas las leyes que regían la vida de Bizkaia, es decir, los Fueros.

Tras 102 años de suspensión, las Juntas son recuperadas en 1979. Comienza así la segunda etapa en la vida de esta institución foral. En torno al Árbol de Gernika se fueron construyendo diversos edificios hasta que en 1826 se inició la construcción de la actual Casa de Juntas.

La Casa de Juntas y el Árbol de Gernika se nos presentan como símbolos vivos de la historia del Pueblo Vasco. Sede del máximo órgano institucional de Bizkaia, el edificio se alza junto al roble foral, punto de encuentro de todos los territorios de Euskal Herria aunados en una misma tradición cultural y etnográfica y traspasando todo tipo de fronteras políticas.