Son el órgano de preparación de las decisiones del Pleno, si bien sustituyen a éste último cuando actúan en plenitud de poder normativo. Están formadas por los miembros que designen los Grupos Junteros en el número que respecto de cada uno indique la Mesa de las Juntas Generales, oída la Junta de Portavoces, y en función de la importancia numérica de aquellos en la Cámara. Cada Grupo Juntero tendrá derecho a contar con un miembro como mínimo en todas las Comisiones ordinarias que se creen. Las Comisiones ordinarias tomarán sus decisiones por el régimen de mayoría, adoptándose para el caso de empate el sistema de voto ponderado en función de la importancia numérica en la Juntas Generales. Los Grupos Junteros pueden sustituir libremente a sus miembros.

Las Comisiones de las Juntas Generales podrán ser ordinarias y especiales. Las primeras están previstas con carácter necesario en el Reglamento de la Cámara. Las segundas se crean para un trabajo concreto determinado, extinguiéndose a la finalización del trabajo encomendado y en todo caso al concluir el mandato de las Juntas Generales, correspondiendo a la Mesa de las Juntas Generales aprobar las normas de constitución, organización y funcionamiento.

Salvo la Comisión de Reglamento y Gobierno, las Comisiones eligen de entre sus miembros una Mesa, compuesta por un/a Presidente/a, un/a Vicepresidenta/a y un/a Secretario/a.