En 1901, à cause de l´état de délabrement dans lequel se trouvait l´ensemble architectural, le Conseil Général de Bizkaia mena à bien une restauration du Palais des Conseils, de la prison et du Palais du Prévôt, selon le projet de l´architecte provincial Antonio Carlevaris, en respectant l´aspect extérieur de l´immeuble mais en modifiant l´intérieur. Plus tard, en 1931, on commanda un nouveau projet à Diego de Basterra qui fut réalisé en partie seulement mais entraîna la transformation totale de la partie intérieure, y créant un petit musée.

Entre 1942 et 1957, l´architecte Eugenio de Aguinaga réalisa la grande transformation qui donna à l´immeuble une image semblable à l´actuelle. Il ajouta un étage supplémentaire au Palais des Conseils, en y incluant des créneaux et en lui donnant l´image de tour qu´elle présente aujourd´hui, il installa de nombreuses fenêtres de style roman et renaissance, unit le Palais des Conseils à celui du Prévôt par un auvent, construisit un escalier en colimaçon à l´intérieur, etc...

Finalement, en 1989 les architectes Javier Muñoz et Josu Urriolabeitia réalisèrent la dernière transformation de l´immeuble lui donnant son aspect actuel, en y ajoutant un nouveau bâtiment aux formes modernes devant la tour et transformant l´intérieur des Palais des Conseils et du Prévt les aménageant en salles de musée et bureaux. Le Palais des Conseils d´Abellaneda accueille actuellement le Musée des Encartaciones, lequel se substitue au Musée du Palais des Conseils crée en 1968.