Las primeras noticias de que disponemos (siglo XIV) no indican la existencia de un edificio, por lo que las reuniones debían celebrarse en algún descampado situado debajo de "la cuesta fasia la torre de (el linaje de) Avellaneda."

El primer edificio se levantó a principios del siglo XVI aunque se desconoce la fecha exacta. Probablemente era un edificio de dos plantas, pues se sabe que en 1535 ya existía una cárcel y varios años más tarde se habla "del suelo de la escalera que sube al auditorio", es decir, de la cárcel a la sala de juntas.

A lo largo del siglo XVI el edificio sufrió constantes reparaciones debido a su mal estado. Por ello, en 1592 se iniciaron las obras de la nueva Casa de Juntas, culminadas en 1635 con la colocación del escudo de la fachada. El edificio sería un caserío cúbico a cuatro aguas con acceso en arco, muy similar al que llegó hasta el siglo XIX.

El edificio dejó de usarse en 1806, al suprimirse las Juntas Generales encartadas, lo que provocó su ruina progresiva a lo largo del siglo XIX.