En 1901, debido al estado de ruina en que se encontraba el conjunto arquitectónico, la Diputación Foral de Bizkaia llevó a cabo una "recuperación" de la Casa de Juntas, la cárcel y la Casa del Corregidor, con proyecto del arquitecto provincial Antonio Carlevaris, respetando el aspecto externo del edificio pero modificando el interior. Posteriormente, en 1931, se encargó un nuevo proyecto a Diego de Basterra que sólo se cumplió parcialmente pero que supuso la reforma total del interior, creándose un modesto museo en él.

Entre 1942 y 1957, el arquitecto Eugenio de Aginaga realizó la gran reforma que dejó el edificio con una imagen muy similar a la actual. Añadió un piso más a la Casa de Juntas, incluyendo almenas y dándole la imagen de torre que hoy presenta, colocó numerosas ventanas de carácter románico y renacentista, unió la Casa de Juntas y la del Corregidor mediante un voladizo, construyó una escalera de caracol en el interior, etc...

Finalmente, en 1989 los arquitectos Javier Muñoz y Josu Urriolabeitia llevaron a cabo la última reforma del edificio dándole el aspecto que actualmente tiene, añadiendo un nuevo cuerpo de formas modernas delante de la torre y reformando el interior de la Casa de Juntas y del Corregidor adecuándolas como salas de museo y oficinas. La Casa de Juntas de Abellaneda acoge en la actualidad el Museo de Las Encartaciones, sustituyendo al Museo de la Casa de Juntas que se creó en 1968.